Il Canton Basel-Stadt fu fondato nel 1833, ma ha una storia lunga e appassionante. In precedenza esisteva un insediamento del Paleolitico medio risalente a circa 130.000 anni fa. Data la posizione strategica di Basilea, i Romani stanziarono le loro legioni sul Münsterhügel fin da 30 anni prima di Cristo, sul sito dell'attuale Cattedrale di Basilea. La cattedrale fu consacrata nel 1019 come chiesa episcopale, motivo per cui lo stemma del Cantone presenta un bastone di Basilea: rappresenta il bastone pastorale dei vescovi.
Nel 1460 fu fondata l'Università di Basilea, e la città divenne un importante centro dell'umanesimo specializzato nella stampa di libri. A metà del XVI secolo, numerosi immigrati provenienti dall'Alta Italia e dalla Francia si rifugiarono in città, portando a Basilea la tessitura e la tintura della seta. Da qui nacquero le odierne aziende farmaceutiche e chimiche. Nel 1833, Basel-Stadt e Basel-Landschaft si separarono in seguito a una serie di conflitti armati. Oggi il Canton Basel-Stadt è un centro culturale, commerciale e imprenditoriale con un'attenzione particolare alle scienze della vita.