El Cantón de Basel-Stadt se fundó en 1833 y cuenta con una dilatada e interesante historia. Ya en el Paleolítico medio, hace más de 130 000 años, había un asentamiento. Gracias a la posición estratégica de Basel, en el año 30 a.C. los romanos establecieron un asentamiento militar en la colina Münsterhügel. Precisamente ahí es donde se erige actualmente la catedral de Basel, que comenzó siendo una iglesia episcopal consagrada en el año 1019. Por este motivo, en el escudo del cantón aparece el báculo de la ciudad, que representa el báculo pastoral de los obispos.
En 1460 se fundó la Universidad de Basilea. Basilea se convirtió en un epicentro de la imprenta y del Humanismo. A mediados del s. XVI, la ciudad recibió un importante flujo migratorio procedente del norte de Italia y de Francia, que llevaron el tejido y la tintura de la seda a Basilea. De ahí surgieron los grupos farmacéuticos y químicos de la actualidad. En 1833, Basel-Stadt y Basel-Landschaft se separaron, tras una serie conflictos bélicos. En la actualidad, el Cantón de Basel-Stadt es un centro cultural, comercial y económico, con un importante foco en las ciencias de la vida.